Les objectifs fixés au début du projet PATHOFLAX étaient les suivants (i) la réalisation d’une étude épidémiologique de cette maladie sur l’ensemble des territoires où le lin fibre est cultivé, (ii) l’étude et la mise en œuvre d’approches basées sur la stimulation des défenses naturelles de la plante par des souches de Verticillium non-infectieuses ou des éliciteurs naturels, approches qui sont respectueuses de l’environnement et enfin, (iii) l’utilisation de la biodiversité naturelle du lin afin d’identifier des variétés résistantes à la maladie. Le but ultime du projet était de développer une boite à outils (appelée « IPM box » (pour “Integrated Pest Management” ou Gestion Intégrée des Nuisibles) contre la verticilliose du lin et de mettre cet outil  à la disposition des agriculteurs afin de les aider à gérer la verticilliose du lin.

Dans le projet, une étude épidémiologique a été menée en France, en Wallonie et en Flandre sur le champignon Verticillium dans la zone de culture du lin textile. Ce suivi de deux ans a montré que la maladie était présente dans les trois régions dans des proportions parfois très importantes. Les résultats ont également montré que le climat joue un rôle dominant dans la manifestation de la maladie, les effets étant plus marqués lors des années sèches, ce qui a été le cas en 2020. De nombreux paramètres ont été étudiés pour tenter de déterminer les facteurs de risque de développement de la maladie sur le lin (du point de vue du rendement). Hormis le facteur d’année (effet du climat), la texture du sol semble également jouer un rôle important, les sols plus légers étant plus sensibles au développement de la maladie. Ces résultats doivent cependant être nuancés car de tels sols n’ont été observés qu’en Flandre. La présence de pommes de terre dans la rotation s’est également avérée être un facteur important pour le niveau de microsclérotes trouvés dans le sol. Cependant, aucun lien clair n’a pu être établi entre le niveau de microsclérotes dans le sol et la présence de symptômes dans la parcelle. Déterminer le potentiel infectieux d’un sol (i.e. quantifier le nombre de microsclérotes du champignon dans le sol) est donc insuffisant pour établir une mesure du risque pour l’agriculteur. Cela suggère que des facteurs autres que la contamination du sol jouent un rôle dans la modulation de la quantité de dégâts. Des travaux complémentaires sont donc nécessaires pour identifier ces facteurs, et notamment ceux qui sont  impliqués dans la germination des microsclérotes.

Des recherches ont également été menées sur une technique de lutte respectueuse de l’environnement, basée sur la stimulation des défenses naturelles de la plante par des souches de Verticillium non pathogènes et des éliciteurs naturels. Ces recherches ont été menées à la fois à l’échelle du laboratoire et dans le cadre d’essais sur le terrain.
Un protocole commun pour la réalisation d’essais biologiques dans des conditions contrôlées a été établi entre les partenaires dès le lancement de la recherche. Les essais en laboratoire ont permis un criblage accéléré afin d’identifier les produits de biocontrôle les plus efficaces et de préciser leur mécanisme d’action. Les résultats obtenus semblent indiquer une efficacité relativement faible de l’utilisation des éliciteurs dans la lutte contre la Verticilliose. Une dizaine d’autres agents de biocontrôle disponibles dans le commerce ont été testés en plein champ, mais aucun n’était efficace pour lutter contre Verticillium. D’autre part, l’utilisation de souches non pathogènes de Verticillium isacii comme produit de biocontrôle a donné des résultats intéressants notamment en milieu contrôlé. L’hypothèse est que cette souche agit comme un antagoniste du pathogène Verticillium dahliae. Un effort de recherche supplémentaire est requis afin de proposer un produit efficace au champ et disponible commercialement.

Enfin, la biodiversité naturelle du lin a également été étudiée afin d’identifier des variétés résistantes à la verticilliose. Grâce à des tests en laboratoire, des variétés ont été criblées à partir des collections dans le but de déterminer les caractéristiques de tolérance ou de susceptibilité des variétés à V. dahliae. Ces tests de criblage ont permis d’identifier 8 nouvelles variétés de lin plus résistantes à la verticilliose à la fin du projet. Ces variétés sont donc une source de biodiversité génétique qui pourrait être importante dans la lutte contre cette maladie fongique. Le projet PATHOFLAX n’a pas encore trouvé d’un moyen objectif permettant de mesurer l’infestation de la plante par le pathogène. Ce moyen est pourtant nécessaire pour aider les sélectionneurs de lin à développer des variétés résistantes au Verticillium.

Une étude réalisée dans le projet PATHOFLAX indique que les variétés les plus tolérantes présentent un taux de methylesterification des pectines plus élevé. Ces études seront poursuivies. Pour comprendre les mécanismes de résistance des variétés tolérantes au pathogène, il est nécessaire d’étudier ce phénomène.

Des essais en plein champ ont également été mis en place dans les différentes régions. L’objectif était de voir si des interactions pouvaient être identifiées entre variété/Verticilliose/conditions agro-climatiques. Les essais variétaux ont été réalisés avec pratiquement les mêmes variétés de lin textile que les variétés disponibles dans le commerce. Les analyses statistiques ont montré que certaines variétés se comportaient de manière similaire d’une année à l’autre et dans différentes parcelles d’essai. Cela a permis d’identifier des variétés plus ou moins sensibles à la présence de Verticillium.

Sur base des résultats obtenus, certains éléments de la boîte à outils IPM pour la lutte contre la verticilliose du lin pourraient être composés :
–  technique de culture:  la rotation avec des pommes de terre augmente l’inoculum dans le sol, la désinfection des semences de lin est nécessaire pour éviter la contamination par les semences et dans les sols légers, on a constaté que Verticillium était plus présent.
– génétique: il y des différences variétales en fonction de la sensibilité à l’infestation par Verticillium. Cependant, toutes les variétés peuvent être affectées et l’impact de l’année (conditions météorologiques) est important.
– outils de diagnostic: diagnostic des sols, des plantes et des semences disponibles dans les 3 régions.
– biocontrôle: résultats intéressants avec le Vt305, mais il n’existe pas encore de produit commercial permettant de lutter efficacement contre Verticillium dans le lin

Toutefois, les connaissances et les résultats obtenus sont insuffisants pour proposer aux producteurs de lin une stratégie de lutte intégrée contre Verticillium dans le lin. Les producteurs peuvent prendre certaines mesures préventives, mais il n’y a aucune garantie qu’ils n’auront pas d’infestation par Verticillium dans le lin. En outre, il n’existe pas encore de technique de lutte contre la présence de Verticillium. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour compléter la boîte à outils de la lutte intégrée contre la maladie et offrir une stratégie de contrôle opérationnelle aux producteurs de lin. Cependant, la base de la boîte à outils IPM peut déjà être trouvée sur le site web du projet et sur le site web des partenaires.